堆肥就是在控制條件下，利用自然界廣泛分布的細菌、放線菌、真菌等微生物，促進來源于生物的有機廢物發生生物穩定作用，使可被生物降解的有機物轉化為穩定的腐殖質的生物化學過程。其實質是生物化學過程，堆肥產品對環境無害，即廢物達到相對穩定。

初始的快速分解階段；穩定化階段；不完全的腐殖化階段。

主要目的：消滅不穩定的新鮮有機質中的植物毒素；將對人類、動物和植物健康不利的因素(例如病毒、細菌、真菌和寄生生物)減少到不能構成危害的水平；產生有機肥料或土壤改善劑,完成有機垃圾和生物質的再利用。

堆肥也是應用最廣泛的畜禽糞便資源化利用方法，是在人工控制水分、碳氮比 (C/N )和通風條件下通過微生物的發酵作用，將廢棄物有機物轉變為肥料的過程。通過堆肥過程，有機物由不穩定狀態轉變為穩定的腐殖質物質，同時微生物作用過程會產生一定的熱量使堆體保持長時間高溫狀態，殺死堆肥物料中的病原菌、 雜草種子，實現無害化。

但其實除了這種堆肥方式之外，還可以使用新型的畜禽糞便處理設備將堆糞進行處理成有機肥，這樣可以改變糞便利用率還可以促進廢物利用。